ISSN 1728-2985
ISSN 2414-9020 Online

Texture analysis of 3D models for the prediction of the grade of clear cell renal cell carcinoma of the kidney (pilot study)

A.V. Konyshev, P.V. Glybochko, D.V. Butnaru, Yu.G. Alyaev, E.S. Sirota, M.M. Chernenky, I.M. Chernenky, D.N. Fiev, A.V. Proskura, A.R. Adzhiev, S.A. Amrakhov, A.A. Izmailova, I.P. Sarkisyan, M.Yu. Alekseeva, V.N. Gridin, P.V. Bochkarev, I.A. Kuznetsov

1) Institute of Urology and Reproductive Health, FGAOU VO I.M. Sechenov First Moscow State Medical University; 2) FGBU Center for Information Technologies in Design of the Russian Academy of Sciences (CITP), Odintsovo, Moscow Region, Russia
Aim. To evaluate the possibilities of textural analysis of 3D models in differentiating the degree of nuclear dysplasia of the clear cell renal cell carcinoma (ccRCC).
Materials and methods. The specimens after surgical treatment of 190 patients with ccRCC were analyzed. In all cases, nephron-sparing surgery (NSS) was performed through laparoscopic access. The clinical characteristics were evaluated, including age, gender, tumor localization (side, surface and segments), absolute tumor volume, Charlson comorbidity index, body mass index, nephrometry scores (RENAL, PADOVA, C-index). Patients were divided into 2 groups. In group 1, there were 119 patients with the ccRCC of Grade 1 or 2, while group 2 consisted of 71 patients with ccRCC of Grade 3 and 4. All patients underwent 3D virtual planning of procedure using the 3D modeling program «Amira». At the first stage, two experienced radiologists performed manual segmentation of 3D models of kidney parenchyma tumors. At the second stage, the tumor shape was analyzed with a mathematical calculation of three indicators and more than 300 textural features of statistics of types 1-2 were extracted. Further, an intellectual analysis was carried out. For the evaluation of tumor grade according to Furman system, the classification problem was solved using the machine learning algorithm Stochastic Gradient Descent and cross-validation k=5.
Results. The accuracy of classification for the two groups of Grade 1 or 2 and Grade 3 or 4 on the F1 metric was 72.2. To build the model, the following parameters were selected: the absolute tumor volume, the Charlson comorbidity index, "Energy", the first quartile and the second decile of the pixel intensity distribution.
Conclusion. The texture analysis of 3D models for the prediction of Fuhrman grade in ccRCC demonstrated satisfactory quality for two groups of Grade 1 or 2 and Grade 3 or 4 nuclear dysplasia.

Keywords

kidney parenchyma cancer
3D technologies
texture analysis
machine learning

Введение. Ежегодно в мире первично диагностируют более 400 тыс. опухолей паренхимы почки, что составляет около 2–3% всех впервые выявленных онкологических заболеваний [1, 2]. Почечно-клеточный рак (ПКР) статистически занимает 10-е место в России среди других онкологических заболеваний [3]. При этом ПКР находится на 13-м месте по причине онкоспецифической смертности во всем мире [1, 2].

Для характеристики степени злокачественности светлоклеточного и папиллярного вариантов ПКР используется система морфологической оценки степени ядерной градации по Фурман. Согласно классификации, ПКР делится на четыре степени – 1-я и 2-я относятся к высокодифференцированным опухолям (high grade) с благоприятным прогнозом, 3-я и 4-я – низкодифференцированные новообразования (low grade), имеющие неблагоприятное течение [4, 5]. Оценка градации по Фурман является независимым прогностическим фактором [6]. Однако эта информация появляется в распоряжении врача-уролога уже после операции и не позволяет заранее определять тактику лечения пациента.

В последние десятилетия отмечается тенденция к увеличению верификации новообразований паренхимы почки размером до 4 см («малая» опухоль почки), что связано с широким использованием лучевых методов визуализации при наличии того или иного заболевания или подозрении на болезни других внутренних органов и систем [7].

В настоящее время приоритетной стратегией терапии локализованных новообразований паренхимы почки является хирургическое лечение, при этом от 10 до 30% от всех прооперированных образований морфологически верифицируются как доброкачественные опухоли [8, 9]. Количество «малых» опухолей почки, ежегодно удаляемых в США, показывало существенный рост среди доброкачественных новообразований с 2080 до 3393, ПКР очень низкого риска прогрессирования (сТ1а G1) с 3352 до 5452 и опухолей низкого риска (сТ1а G2) с 8512 до 13631 в период с 2000 по 2014 г. [10]. По данным ряда мировых исследователей, от 30 до 90% удаленных ПКР имеют низкий потенциал злокачественности [10–15]. Столь высокий уровень выявления доброкачественных и индолентных образований ставит под сомнение уместность хирургического вмешательства при любом подозрительном поражении, учитывая ряд возможных осложнений, связанных с оперативным вмешательством [10, 22].

Использование современных лучевых методов диагностики показывает высокий процент точности специфичности и чувствительности в диагностике новообразований паренхимы почки. Так, магнитно-резонансная томография (МРТ) и мультиспиральная компьютерная томография (МСКТ) с контрастированием имеют приблизительно одинаковый процент точности – 95–100% [16, 17, 19]. Однако необходимо отметить возможности этих методов в верификации гистологического типа опухоли гораздо ниже. Так, при выполнении МРТ с оценкой различных характеристик точность верификации составляет не более 86%, а для МСКТ – лишь 79% [17–19]. Позитронно-эмиссионная компьютерная томография (ПЭТ/КТ) показывает точность до 93,8% с одним радиофармпрепаратом, а при проведении нескольких серий ПЭТ с введением 2–3 радиоизотопов достигает 100% [20–22]. Однако дифференцированная морфологическая верификация ПКР при выполнении ПЭТ/КТ требует использования комбинации нескольких радио-фармпрепаратов. Тем самым затраты, продолжительность исследования и лучевая нагрузка на пациента увеличиваются.

Согласно клиническим рекомендациям, дооперационная морфологическая диагностика новообразований паренхимы почки не является обязательной и выполняется лишь по узким показаниям: пациентам с местнораспространенным ПКР для определения тактики лекарственной терапии, при планировании аблативных методов лечения и больным с множественными злокачественными опухолями для верификации диагноза [21].

При выполнении биопсии опухоли гистологические результаты по сравнению с окончательным морфологическим диагнозом выглядят недостаточно полноценными, чувствительность, специфичность и точность составляют 95,5%; 89,7%; 90,3% соответственно [21, 23, 24].

Достоверность диагностики степени ядерной анаплазии по Фурман варьируется от 46 до 85% [21–24]. Важно отметить, что биопсия дает лишь «точечную» оценку морфологии тканей и не характеризует опухоль целиком, ее результаты в 10–15% ошибочны или малоинформативны ввиду гетерогенности новообразования [21–25]. Кроме того, биопсия не всегда осуществима из-за топографоанатомических особенностей расположения опухоли, а сама процедура является инвазивной и сопровождается осложнениями с частотой от 0,4 до 4,9% [21–25].

В связи с этим превалирует необходимость дооперационного получения достаточно полной и достоверной информации о морфологии новообразований паренхимы почки без применения инвазивных манипуляций с риском осложнений для осуществления персонифицированного подхода к определению тактики лечения.

В последнее десятилетие с целью неинвазивной морфологической верификации в мире нашла свое применение современная технология радиомика [22, 26].

Данная технология включает количественную оценку лучевых методов визуализации – текстурный анализ (ТА) – в сопоставлении с клиническими, морфологическими генетическими и другими характеристиками пациента при помощи интеллектуального анализа [22, 26].

Для анализа изображения используются методики интеллектуальной оценки данных посредством компьютерных программ с применением статистики (первого, второго и высших порядков), моделей (создание модели, характерной для определенного изображения), метода преобразования (начертательная геометрия общего положения геометрической фигуры относительно плоскости проекции к частному) – DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) [22, 26].

На данный момент в мире проведен ряд исследований, оценивающих возможности ТА 2D-DICOM данных МСКТ и/или МРТ и 3D-моделей опухолей в прогнозе морфологической верификации новообразований [27–29]. Работ с ТА в предикации степени анаплазии ядер светлоклеточного варианта ПКР мало, а результаты выполненных исследований неоднозначны [30–32]. В связи с чем сохраняется необходимость в выполнении дальнейших исследований, анализирующих возможности ТА в определении степени ядерной дифференцировки по Фурман.

Цель исследования. Оценить возможности текстурного анализа 3D-моделей патологического процесса в дифференцировке степени ядерной анаплазии светлоклеточного варианта почечно-клеточного рака (ПКР).

Материалы и методы. В ретроспективное исследование включены результаты хирургических пособий 190 пациентов, находившихся на лечении в Институте урологии и репродуктивного здоровья человека Сеченовского Университета за период с 2018 по 2022 г. (табл. 1). Все операции выполнены из лапароскопического доступа в объеме ОСО. Средний возраст пациентов составил 57,2± 10,8 года. Мужчин было 121 (63,6%), женщин – 69 (36,4%).

107-2.jpg (84 KB)

Для расчета абсолютного объема опухоли в мм3 использована формула: V=4/3πR3, где V – абсолютный обьем опухоли, π=3,14, R=(a+b+c):6; a, b, c – размеры опухоли три измерения опухоли, которые производились во взаимно перпендикулярных направлениях по данным выполненной МСКТ. Из учитываемых клинических данных кроме возраста и пола пациентов учитывались индекс массы тела, индекс коморбидности Чарлсон, индексы нефрометрии (RENAL, PADOVA, C-index).

В анализируемую группу включены пациенты со светлоклеточным вариантом ПКР. Степень клеточной анаплазии G была верифицирована как G1 в 67 (35%), G2 – в 52 (27%), G3 – в 62 (33%), G4 – в 9 (5%) наблюдениях.

Всем больным на этапе предоперационного обследования проводилась МСКТ, исследования выполнялись на мультиспиральных компьютерных томографах Toshiba Aquilion One 640 или Toshiba Aquilion multi 320 (Япония). Протокол проведения исследования 3 Phase Kidneys – в положении пациента лежа на спине (параметры съемки: режим исследования спиральный, толщина среза – 0,5 мм, напряжение – 120 kV, сила тока – 80 mA, скорость вращения трубки – 0,5 с, зона исследования: от купола диафрагмы до лобкового сочленения) с внутривенным контрастированием. Контрастные препараты – используемые для контрастирования с содержанием йода 300–370 мг/мл (омнипак, ультравист, визипак) в объеме 80–90 мл в среднем на одно исследование со скоростью внутривенного введения 3,5–4 мл в секундах.

Всем пациентам на основании DICOM данных МСКТ проведено 3D-виртуальное планирование операций посредством программы 3D-моделирования «Amira» по ранее описанному алгоритму [33].

Выполнение текстурного анализа 3D-моделей включала несколько этапов, представленных на рис. 1.

107-1.jpg (64 KB)

Сегментация опухоли выполнялась в ручном режиме на 3D-моделях патологического процесса двумя опытными врачами лучевой диагностики.

108-2.jpg (37 KB)

Извлеченные 3D-модели опухоли оценивали по форме новообразований (рис. 2) с математическим расчетом трех показателей по формулам 1–3:

Отклонение – отношение объема опухоли к объему описывающего эллипсоида (формула 1).

107-3.jpg (5 KB)

где Vt – объем опухоли, Ve – объем описывающего эллипсоида.

Отношение диаметров 1 – отношение минимальной по длине полуоси эллипсоида к максимальной (формула 2).

107-4.jpg (5 KB)

где dmin – минимальная по длине полуось описывающего эллипсоида, dmax – максимальная по длине полуось описывающего эллипсоида.

Отношение диаметров 2 – отношение промежуточной по длине полуоси эллипсоида к максимальной (формула 3).

108-3.jpg (5 KB)

где dmed – промежуточная по длине полуось описывающего эллипсоида, dmax – максимальная по длине полуось описывающего эллипсоида.

В дальнейшем выполнялся текстурный анализ и извлечение 300 характеристик текстуры, состоящих из статистик первого, второго и высшего порядков.

Для предикации степени ядерной анаплазии новообразований паренхимы почки и точности классификации выполнен интеллектуальный анализ. В прогностической модели использовался алгоритм машинного обучения Стохастического градиентного спуска и кросс-валидации k=5 с входящими параметрами: статистика первого, второго и высшего порядков, параметры формы образований и клинические данные наблюдений.

Результаты исследования. В исследовании первично пациенты были разделены на три группы, согласно степени ядерной анаплазии по Фурман. Пациенты со степенью градации G4 не включались в классификацию ввиду малого количества наблюдений (G4-n-9). Для построения моделей прогноза отобраны значимые признаки: эксцесс (Kutrosis), различность (Dissimilarity), нормализованная степень разности (Difference Normalized), дисперсия степени разности (Difference variance), обратная степень разности (Inverse Difference [Normalized]), однородность (Homogeneity), контрастность (Contrast). Точность классификации для трех групп G1-2-3 составила 51,5% по метрики F1. Использовалась кросс-валидация k=5. Точность прогноза представлена в табл. 2.

108-1.jpg (80 KB)

Ввиду низкого качества моделей прогноза и для учета наблюдений со степенью ядерной анаплазии G4 были сформированы 2 группы анализа: первая группа G1/G2 – 119, вторая группа G3/G4 – 71 наблюдение.

Для построения моделей были отобраны следующие наиболее значимые признаки: объем новообразования, индекс коморбидности Чарлсона, «Энергия», первый квартиль и второй дециль распределения яркости пикселей. В результате точность прогноза степени ядерной дифференцировки по Фурман для двух групп G1/2 и G3/4 составила 72,2 по метрики F1. Точность прогноза представлена в табл. 3.

Обсуждение. Интерпретация и анализ DICOM данных лучевых методов диагностики являются продуктом субъективной визуальной оценки изображений врачом-рентгенологом. В заключение специалист использует незначительное количество объективных параметров, которые не имеют существенной дифференциально диагностической значимости: размер патологического образования, топографо-анатомические взаимоотношения, градиент накопления контрастного вещества в различных фазах исследования выбранного участка в единицах Хаунсфилда (HU) на МСКТ, интенсивность сигнала (SI) на МРТ или стандартизированное значение поглощения (SUV –

Standardized Uptake Value) на ПЭТ [34]. Органы зрения человека распознают текстуру изображения лучевых методов диагностики как зернистый узор, состоящий из различной интенсивности точек серого цвета – пикселей. Однако изображения имеют ряд признаков различных порядков, определенную яркость, размер цвета, шероховатость, направленность, случайность, гладкость, грануляцию и так далее, оценка которых глазом человека неполноценна, недостаточно значима и оператор зависима [34].

ТА-изображения предоставляет намного больше информации о структурных и функциональных характеристиках биологических объектов, поэтому использование радиомики является важным вопросом в обработке и понимании полученного изображения.

Система классификации степени ядерной анаплазии по Фурман является наиболее широко используемой врачами-морфологами и является независимым предиктором «агрессивности» светлоклеточного и папиллярного вариантов ПКР [35]. Соответственно, для степеней 1, 2, 3 и 4 5-летняя онкоспецифическая выживаемость составила 84,60%, 60,50, 11,54 и 6,40% [5].

Определение биологической природы ПКР или вероятной «агрессивности» рака на этапе планирования тактики терапии больного может оказать существенную поддержку врачу в принятии решения об оптимальном методе лечения: хирургическое вмешательство и его объем (ОСО и/или органоуносящая операция), аблация и/или активное наблюдение.

Поскольку точность чрескожной биопсии новообразований паренхимы почки в определении ядерного грейда по Фурман невысока из-за значительной систематической ошибки, дооперационное распознавание биологической природы ПКР является проблематичным в настоящее время.

В нашем исследовании точность прогноза степени ядерной дифференцировки по Фурман для двух групп (G1/2 и G3/4) составила 72,2 по метрики F1 при использовании алгоритма машинного обучения Стохастического градиентного спуска и кросс-валидации k=5. Отличительной особенностью нашей работы является применение ТА 3D-моделей новообразований паренхимы почки. Сегментированные объемные модели опухоли включали все фазы МСКТ.

В ряде исследований в мире в прогнозе степени ядерной анаплазии для ТА используются одна или несколько фаз МСКТ.

Так, в исследовании Bektas и соавт. текстурные признаки извлечены из венозной фазы МСКТ 53 пациентов со светлоклеточным вариантом ПКР с разделением на 2 группы: 31 ПКР низкой степени (G1/2), и 23 высокой степени (G3/4). В интеллектуальном анализе с целью классификации использовалось несколько алгоритмов машинного обучения. Наивысшая прогностическая эффективность была получена при применении алгоритма метода опорных векторов (SVM- support vector machine), SVM-точность прогноза классификатора двух групп (G1/2 и G3/4) составила 85,1% [30].

По нашему мнению, для разработки прогностической модели классификатора степени ядерной анаплазии светлоклеточного варианта ПКР наравне с текстурными признаками необходимо использовать характеристики формы опухоли. В своем исследовании мы использовали три расчетных значения формы новообразований. Наше предположение подтверждается работой Luo и соавт., где ТА выполнен в бесконтрастной и экскреторной фазах МСКТ 177 пациентов со светлоклеточным ПКР (124 G1/2, и 53 G3/4), наибольшая точность прогноза – 81% – была достигнута в моделях с включением характеристик формы опухоли [31].

Расчетный показатель объема опухоли в нашем исследовании был определен значимым фактором в учете классификатора ядерной дифференцировки по Фурман.

В какой-то мере результаты нашей работы согласуются с работой Kierans и соавт. Исследователи провели ТА МРТ 61 пациента со светлоклеточным вариантом ПКР, при выполнении многофакторного регрессивного анализа было установлено, что размер опухоли (р=0,013), ассиметрия (р=0,012) и матричная корреляция совпадений (р=0,030) являются значимыми независимыми предикторами степени ядерной анаплазии G3/4 [32].

Кроме учета показателя объема новообразований в нашем исследовании отмечена значимость индекса коморбидности Чарлсон в прогнозе степени градации по Фурман.

В основу расчета индекса коморбидности входят характеристики возраста и сопутствующих заболеваний пациента [36]. При этом большинство соматических заболеваний, которые повышают индекс коморбидности больных, связано с метаболическим синдромом: сахарный диабет, гипертоническая болезнь, ишемическая болезнь сердца. Наличие вышеупомянутых заболеваний в наблюдениях, по мнению различных исследователей, оказывает влияние на общую выживаемость и «биологический потенциал» ПКР [37–39].

Положительными сторонами нашего исследования являются выполнение радиомики 3D-моделей опухоли, выполненных на основании оценки всех четырех фаз МСКТ брюшной полости с контрастированием, использование в прогнозировании расширенного набора данных – клинических, демографических, форма образований.

Недостатками нашего исследования явились небольшая общая выборка пациентов, малое количество наблюдений со степенью ядерной дифференцировки G4, одноцентровой и ретроспективный характер исследования.

Необходимо проведение дальнейших многоцентровых исследований с большим количеством наблюдений, с целью валидации радиомики в медицине для определения персонифицированного подхода в определении тактики лечения пациентов с ПКР.

Заключение. Использование текстурного анализа 3D-моделей в прогнозе грейда по Фурман светлоклеточного варианта почечно-клеточного рака продемонстрировало удовлетворительное качество моделей для двух групп (G1/2 и G3/4) клеточной анаплазии.

About the Authors

Corresponding author: A.V. Konyshev – urologist, applicant of the Institute of Urology and Reproductive Health, FGAOU VO I.M. Sechenov First Moscow State Medical University, Moscow, Russia; e-mail: urokulez@yandex.ru

Similar Articles

By continuing to use our site, you consent to the processing of cookies that ensure the proper functioning of the site.