ISSN 1728-2985
ISSN 2414-9020 Online

Molecular and genetic technologies for the diagnosis of monogenic forms of urinary stone disease: clinical cases

M.M. Litvinova, T.V. Filippova, D.V. Svetlichnaya, S.L. Morozov, I.S.Chugunov, S.Z. Nuralieva, V.I. Rudenko, Z.K. Gadzhieva, T.I. Subbotina, M.V. Shumikhina

1) I.M. Sechenov First Moscow State Medical University of Ministry of Public Health of the Russian Federation (Sechenov University), Moscow, Russia; 2) The Loginov Moscow Clinical Scientific Center of Moscow Health Department, Moscow, Russia; 3) Moscow Regional Research and Clinical Institute (MONIKI), Moscow, Russia; 4) Veltischev Research and Clinical Institute for Pediatrics, Moscow, Russia; 5) Endocrinology Research Center, Ministry of Health of Russia, Moscow, Russia; 6) N.F. Filatov Children’s City Hospital of Moscow Healthcare Ministry, Moscow, Russia
Kidney stone disease (KSD) is an actual problem of modern health care. By now, more than 80 monogenic forms of urolithiasis have been described. To diagnose such forms of KSD different molecular genetic technologies are used. In the current article 5 clinical cases of KSD among the patients aged 1-9 years old are presented. All of them underwent comprehensive instrumental, clinical, laboratory and molecular genetic investigations. DNA analysis was carried out by Next Generation Sequencing method (NGS) (target NGS-panels and Whole Exome Sequencing).
In all cases the molecular genetic cause of the disease was found – idiopathic infantile hypercalcemia type 1 (gene CYP24A1 – 3 cases) and cystinuria (gene SLC7A9 – 2 case). Several unknown genetic variants were found in CYP24A1 (c.1379G>T, c.1156A>T, c.1286T>C) and SLC7A9 (c.920T>A). The importance of genetic testing and the role of genetic counseling for patients with KSD were shown.

Keywords

kidney stone disease
urolithiasis
monogenic forms
genetic diagnostics
genetic testing
gene
cystinuria
hypercalcemia
medullary nephrocalcinosis
CYP24A1
SLC7A9

Мочекаменная болезнь (МКБ) – хорошо известное и широко распространенное заболевание мочевыделительной системы с высокой частотой рецидивирования [1, 2]. В настоящее время не вызывает сомнений весомый вклад генетических факторов в развитие МКБ.

Как правило, МКБ представлена полигенными формами уролитиаза. Диагностика этих форм представляет определенные трудности вследствие взаимодействия множества средовых и генетических факторов, приводящих к формированию МКБ. Другие случаи МКБ представлены моногенными формами заболевания, которых на сегодняшний день описано более 80 [3]. Моногенные формы МКБ можно диагностировать более точно ввиду наличия конкретного дефекта в определенном гене [4].

Большинство моногенных форм уролитиаза обусловлено нарушением кальциевофосфорного обмена, что подтверждается более частым выявлением камней, в химический состав которых входит кальций (85% – оксалат кальция, до 10% – фосфат кальция, 5% – оксалат и фосфат кальция в сочетании с мочевой кислотой). Более редкие – мочекислые (5–10%), струвитные (5–15%) и цистиновые (1–3%) камни [5, 6].

Моногенные формы уролитиаза могут проявляться в разном возрасте, однако чаще они манифестируют в раннем детстве. В большинстве случаев ведущим симптомом заболевания является камнеобразование в почках, но некоторые нозологические формы могут сопровождаться нарушением работы других органов и систем [3].

Применение современных молекулярно-генетических технологий позволяет проводить раннюю диагностику, своевременное лечение и профилактику заболевания в семье больного.

В качестве молекулярно-генетических технологий используют полимеразную цепную реакцию (ПЦР), секвенирование по Сэнгеру, секвенирование нового поколения (NGS, от англ. Next Generation Sequencing) в виде таргетных NGS-панелей, клинического экзома, полноэкзомного секвенирования, полногеномного секвенирования.

В настоящей работе представлены описания клинических наблюдений моногенных форм уролитиаза, в диагностике которых использованы разные виды анализа ДНК.

Под нашим наблюдением находились 5 пациентов с диагнозом «медуллярный нефрокальциноз», или МКБ, установленным в детском возрасте. Возраст пациентов от 1 года до 9 лет. Всем пациентам проведено инструментальное обследование (УЗИ органов брюшной полости, почек, мочевого пузыря), биохимическое исследование крови (показатели кислотно-щелочного состояния, минерального обмена и электролитного состава: кальций, фосфор, магний, натрий, калий, хлориды, железо), паратиреоидный гормон (ПТГ), 25(ОН)D) и мочи (показатели кристаллурии с обязательной оценкой кальциево-креатининового соотношения), а также выполнен спектральный анализ камней.

Для выявления генетических причин МКБ в зависимости от клинической картины заболевания больным проведено ДНК-исследование с использованием полноэкзомного секвенирования и таргетных NGS-панелей двух видов: 1) гены CYP24A1, SLC34A1; 2) гены FGF23, PTHR1, CASR, SLC34A1, ATP6V1B1, SLC9A3R1, SLC34A3, CYP24A1, ATP6V0A4, GALNT3, ALPL, PHEX, CYP27B1, LRP5, DMP1, VDR, KL, CYP2R1, ENPP1, CLCN5, CLCNKB, SLC2A2 (с общим покрытием 98,5%).

Пациент Д., мальчик 6 лет. При рождении масса тела составляла 3350 г, рост – 51 см. На первом году жизни отмечены задержка моторного развития, гипотония; наблюдался у невролога, по результатам инструментальных методов исследования (электронейромиография) данных за нервно-мышечные заболевания не получено.

К нефрологу впервые обратились в возрасте ребенка 7 мес. в связи с постоянной лейкоцитурией в анализах мочи. При УЗИ почек выявлен синдром белых пирамидок. При биохимическом исследовании крови выявлена гиперкальциемия – Саобщ максимально до 3,36 ммоль/л (норма – 2,2–2,7 ммоль/л) и Са++ – 1,7 ммоль/л (норма – 1,13–1,32 ммоль/л), снижение уровня ПТГ до 3 пг/мл (норма – 16–62 пг/мл), фосфор – 1,57 ммоль/л (норма – 1,3–2,26 ммоль/л), креатинин – 40 мкмоль/л, рСКФ (по формуле Шварца – 98 мл/мин/1,73 м2. При биохимическом исследовании мочи получены следующие данные: Ca/Cr – 0,8 ммоль/ммоль (норма до 1,1 ммоль/ммоль), мочевая кислота/Cr – 0,65 ммоль/ммоль (норма до 1,0 ммоль/ммоль), оксалаты/Cr – 50 мкмоль/ммоль (норма до 82 мкмоль/ммоль), белок – 0,3 г/сут. Уровень 25(ОН)D составил 21,1 нг/мл (норма – 14–60 нг/мл). Клинический диагноз: медуллярный нефрокальциноз, цистит, гипопаратиреоз.

В возрасте 3 лет 10 мес. пациенту проведено молекулярно-генетическое исследование методом массового параллельного секвенирования по панели генов, включившей 22 гена, связанных с нарушением кальциевофосфорного обмена. В результате секвенирования в гене CYP24A1 выявлено два варианта: известная патогенная мутация c.1226T>C (p.Leu409Ser, rs6068812) и ранее неописанный вариант c.1379G>T (p.Arg460Iso), оба в гетерозиготной форме. Обнаруженные находки соответствуют идиопатической инфантильной гиперкальциемии 1-го типа.

Пациент И., мальчик 1 года. Масса тела при рождении – 3300 г, рост – 52 см. С 1-го месяца отмечена склонность к запорам, с 3 мес. – снижение аппетита, плоская весовая кривая, периодическая рвота. С 5 мес. регистрировали лейкоцитурию до 50 в поле зрения. В то же время при УЗИ почек выявлены признаки медуллярного нефрокальциноза в виде симптома «белые пирамидки». В биохимическом анализе крови выявлена гиперкальциемия (Саобщ максимально до 3,08 ммоль/л (норма – 2,20–2,70 ммоль/л), фосфор – 1,75 ммоль/л (норма – 1,3–2,26 ммоль/л), ПТГ менее 3 пг/мл (норма – 16–62 пг/мл), креатинин – 24,3 мкмоль/л, рСКФ – 110 мл/мин/1,73 м2. При биохимическом исследовании суточной мочи: Ca/Cr – 0,67 мг/мг (норма до 0,8 мг/мг), мочевая кислота/Cr – 0,9 мг/мг (норма до 2,2 мг/мг), оксалаты/Cr – 90 мг/г (норма до 140), фосфор/Cr – 1,8 мг/мг (норма до 4 мг/мг).

В ходе осмотра неврологом выявлена диффузная мышечная гипотония. Клинический диагноз: медуллярный нефрокальциноз, инфекция органов мочевой системы, гипопаратиреоз. Синдром вялого ребенка (диффузная мышечная гипотония). С целью выявления генетической причины заболевания и уточнения диагноза в возрасте 1 года 3 мес. пациенту проведено ДНК-исследование по панели генов, включившей 22 гена, связанных с нарушением кальциевофосфорного обмена. В результате секвенирования в гене CYP24A1 выявлена известная патогенная мутация c.428_430delAAG (Glu143del, rs777676129) в гомозиготной форме. Установленный генотип подтверждает диагноз идиопатической инфантильной гиперкальциемии 1-го типа.

Пациентка А., девочка 7 лет. Масса тела при рождении – 3000 г, рост – 50 см. Рождена от первой беременности, протекавшей с угрозой прерывания на ранних сроках.

В 6 лет обратилась с жалобами на боли в животе. В возрасте 1 мес. у ребенка отмечена склонность к запорам, с 3 мес. появилась периодическая рвота, с 5 мес. выявлена лейкоцитурия до 50 в поле зрения. В то же время по данным УЗИ почек выявлены признаки медуллярного нефрокальциноза в виде симптома «белые пирамидки». Проведена симптоматическая терапия с положительным эффектом. В возрасте 6 лет проведено обследование. В анализах крови: Саобщ максимально до 2,42 ммоль/л (норма – 2,20–2,70 ммоль/л), фосфор – 1,59 ммоль/л (норма – 1,3–2,26 ммоль/л), ПТГ менее 3 пг/мл (норма – 16–62 пг/мл), 25(ОН)D – 55,5 нг/мл (норма – 14–60 нг/мл), креатинин – 49,6 мкмоль/л, рСКФ – 120 мл/мин/1,73 м2.

Биохимическое исследование суточной мочи: Ca/Cr – 0,27 мг/мг (норма до 0,21 мг/мг), мочевая кислота/Cr – 0,74 мг/мг (норма до 0,9 мг/мг), оксалаты/Cr –24 мг/г (норма до 60 мг/г), фосфор/Cr – 1,35 мг/мг (норма до 0,97 мг/мг).

Клинический диагноз: медуллярный нефрокальциноз, гипопаратиреоз, гиперкальциурия. В возрасте 7 лет 3 мес. проведен молекулярно-генетический анализ по панели генов, включившей 22 гена, связанных с нарушением кальциево-фосфорного обмена, который выявил в гене CYP24A1 наличие двух ранее не описанных генных вариантов: c.1156A>T (p.Arg386Trp) и c.1286T>C (p.Phe429Ser). Обнаруженные молекулярно-генетические находки могут быть причиной идиопатической инфантильной гиперкальциемии 1-го типа.

Идиопатическая инфантильная гиперкальциемия 1-го типа – аутосомно-рецессивное наследственное заболевание, вызванное мутациями гена CYP24A1. Ген CYP24A1 расположен на длинном плече хромосомы 20 (20q13.2) и кодирует фермент внутренней мембраны митохондрий 24-гидроксилазу, активация которого приводит к разрушению 25-гидроксихолекальциферла (25-(OH)D3) и кальцитриола (1,25-(OH)2D3). При нарушении функции данного гена наблюдаются высокий уровень активности витамина D и как следствие – увеличение всасывания кальция в кишечнике, гиперкальцеимия и гиперкальциурия. Идиопатическая гиперкальциемия в большинстве случаев манифестирует в возрасте 4–12 мес., но может проявляться с рождения. Кроме перечисленных симптомов у пациентов могут наблюдаться задержка развития, рвота, обезвоживание, медуллярный нефрокальциноз [7, 8]. Лечение при идиопатической инфантильной гиперкальциемии симптоматическое. Родители должны строго следить за соблюдением питьевого режима (около 30–50 мл/кг/сут дробно в течение дня), ограничивать использование продуктов, содержащих большое количество витамина D, а также комплексных витаминных препаратов, избегать избыточной инсоляции и в обязательном порядке использовать защитные средства для кожи с высоким SPF-фактором. Употреблять кальцийсодержащие продукты можно, но в количествах, не превышающих возрастные нормы [9, 10]. Назначение кетоконазола (как ингибитора цитохрома Р-450, который также ингибирует 25-гидроксилазу и 1-альфа-гидроксилазу), гемодиализа при угрожающей гиперкальциемии, бисфосфонатов используется крайне редко и описано в качестве подхода к лечению таких пациентов лишь в единичных публикациях [11].

В терапии также могут быть использованы цитратные препараты в качестве ингибиторов кристаллообразования и средств снижения выраженности проявлений нефрокальциноза [12].

Пациент Ф., мальчик 4 лет, родился от I беременности с массой тела 4110 г, ростом 56 см. Роды с акушерским пособием (метод Кристеллера). С 6 мес. отмечались гипертермия, в анализах – лейкоцитурия. При УЗИ почек с 6 мес. выявлялся симптом «белые пирамидки». В анализах крови показатели кальция (общего и ионизированного), фосфора в пределах нормальных значений. В 3 года на фоне болевого синдрома произошло самостоятельное отхождение почечного камня. Рентгенофазовый анализ уролита выявил оксалат кальция моногидрат (вевеллит) – 23%, оксалат кальция гидрат (ведделит) – 28%, дигидроксофосфат кальция (гидроксиапатит) – 32%, фосфат кальция (витлокит) – 17%. Семейный анамнез отягощен: МКБ у матери с 27 лет и у бабки по материнской линии с 40 лет. Биохимический анализ крови: Саобщ – максимально 2,66 ммоль/л (норма – 2,20–2,70 ммоль/л), Са++ – 1,26 ммоль/л, фосфор – 1,63 ммоль/л (норма –1,3–2,26 ммоль/л), ПТГ – 13,5 пг/мл (норма – 16–62 пг/мл), 25(ОН)D – 56,8 нг/мл (норма – 14–60 нг/мл), креатинин – 47 мкмоль/л, рСКФ – 98 мл/мин/1,73 м2. Клинический диагноз: медуллярный нефрокальциноз, пиелонефрит, гипопаратиреоз. В возрасте 3 лет 5 мес. пациенту проведено секвенирование экзома, по результатам которого в гене SLC7A9 выявлена мутация c.695A>G (p.Tyr232Cys, rs121908487) в гетерозиготной форме.

Мутации гена SLC7A9 ответственны за развитие цистинурии – моногенного заболевания, которое в зависимости от типа мутации может наследоваться аутосомно-рецессивно, аутосомно-доминантно, а также возможен дигенный тип наследования. Выявленная мутация в гене SLC7A9 на сегодняшний день классифицируется как type non-I, т.е. в гетерозиготной форме обычно не приводит к клиническому проявлению заболевания в виде образования цистиновых камней [13]. Однако есть данные о том, что в гетерозиготной форме мутации в гене SLC7A9 могут способствовать камнеобразованию у пациентов, в том числе могут образовываться камни, в составе которых преобладают кальциевые соли. Последнее связано с тем, что цистин мочи сам по себе способствует кристаллизации кальция в мочевыводящих путях [14]. Таким образом, полученные данные полноэкзомного секвенирования пациента соответствовали клинической картине данной формы МКБ.

Пациент Г., девочка 9 лет от первой беременности, протекавшей на фоне анемии, диффузно-токсического зоба 2-й ст. Роды в срок, масса тела при рождении – 3380 г, рост –51 см. С возраста 1,5 лет в анализах мочи отмечались лейкоцитурия до 10–15 в поле зрения, кристаллы цистина, ураты, оксалаты. При УЗИ почек выявлены правосторонняя пиелоэктазия и конкременты до 3 мм. В возрасте 2 лет ребенку в связи с правосторонним уролитиазом проведена нефролитотрипсия. При контрольном УЗИ почек через 12 мес. определялись правосторонняя пиелоэктазия до 23 мм, множественные конкременты 6–18 мм; по результатам КТ брюшной полости в правой лоханке выявлен конкремент размером 20×13×19 мм, в чашках визуализировались множественные конкременты размером от 5 до 20 мм. Биохимический анализ крови: Саобщ общий – максимально 2,48 ммоль/л (норма – 2,20–2,70 ммоль/л), Са++ – 1,26 ммоль/л (норма – 1,13–1,32 ммоль/л), фосфор – 1,35 ммоль/л (норма – 1,3–2,26 ммоль/л), ПТГ – 94,5 пг/мл (норма – 16–62 пг/мл), 25(ОН)D – 14 нг/мл (норма – 14–60 нг/мл), креатинин – 42 мкмоль/л, рСКФ – 124 мл/мин/1,73 м2. С 2012 по 2017 г. в связи с рецидивирующим уролитиазом ребенку трижды проведена дистанционная литотрипсия. Данные тонкослойной хромотографии мочи соответствовали умеренной неселективной гипераминоацидурии. Рентгенофазовый анализ уролита: 100%-ный вевелит. Семейный анамнез отягощен по материнской линии: МКБ у деда и у троюродного дяди по материнской линии. В возрасте 9 лет ребенку проведено молекулярно-генетическое исследование в виде секвенирования экзома, по результатам которого выявлен ранее не описанный вариант c.920T>A (p.Leu307His) в гене SLC7A9 в гетерозиготной форме, который может быть причиной цистинурии.

Цистинурия – аутосомно-рецессивное заболевание, которое встречается в 1–10% случаев МКБ у детей [15–17]. Распространенность заболевания в мире составляет 1:7000 [18]. Цистинурия характеризуется гиперэкскрецией цистина с мочой (более 400 мг в день при норме менее 30 мг в день), рецидивирующим течением МКБ и образованием в почках цистиновых уролитов [19]. Клинически заболевание манифестирует в возрасте от 2 до 40 лет. В 75% случаев наблюдается двустороннее поражение почек [20]. Цистинурия возникает из-за дефекта в системе трансэпителиальных транспортеров двуосновных аминокислот (цистина, орнитина, лизина и аргинина) в проксимальных почечных канальцах и в желудочно-кишечном тракте. Цистин плохо растворим в обычной моче с pH менее 7. В результате перенасыщения мочи цистин подвергается кристаллизации с образованием камней, чаще всего имеющих цистиновый состав, в некоторых случаях уролиты представлены солями кальция [21, 22].

Лечение цистинурии предусматривает повышение растворимости цистина посредством увеличения pH и объема мочи. Увеличение диуреза (полиурия) служит одним из наиболее эффективных способов предотвращения развития почечных камней у таких пациентов. Тиоловые производные D-пеницилламин и тиопронин используют в наиболее тяжелых случаях. Эти лекарственные средства содержат сульфгидрильные группы и образуют хорошо растворимые соединения с цистином (цистеин-пеницилламин и цистеин-тиопронин) [23, 24].

Как видно из представленных клинических наблюдений (см. таблицу), МКБ может манифестировать в раннем детском возрасте и на начальном этапе проявляться ультразвуковым симптомом «белые пирамидки», который является отражением медуллярного нефрокальциноза и свидетельствует о высоком риске формирования камней в почках [25].

84-1.jpg (210 KB)

Чаще всего дети поступают под наблюдение нефролога в связи со случайным обнаружением при УЗИ почек симптома «белые (гиперэхогенные) пирамидки» – медуллярного нефрокальциноза, который может быть признаком ряда состояний (медуллярная кистозная болезнь, болезнь Дента, дистальный почечно-тубулярный ацидоз [ПТА], семейная гипомагнезиемическая гиперкальциурия с нефрокальцинозом, синдром Вильямса, синдром Беквитта–Видемана и др.). Кроме того, это состояние может быть обусловлено ятрогенными причинами (передозировка витамина D, молочно-щелочной синдром и др.) и проявлениями гиперкальциурии при онкологических заболеваниях [12, 26].

На первом этапе обычно проводят оценку кислотно-основного состояния крови, биохимическое исследование крови (креатинин, мочевина, щелочная фосфатаза, кальций общий и ионизированный, фосфор, ПТГ-гормон, 25(ОН)D (и по возможности его метаболит 1,25(ОН)2D, магний, натрий, хлор, калий), а также биохимическое исследование мочи (креатинин, кальций, оксалаты, мочевая кислота, фосфор, общий белок).

При наличии гиперкальциурии, гиперкальциемии, гипопаратиреоза, нормального уровня 25(ОН)D и повышенного уровня 1,25(ОН)2D можно заподозрить идиопатическую инфантильную гиперкальциемию. Характерными признаками других болезней, сопровождающихся уролитиазом, служат низкомолекулярная протеинурия при болезни Дента; метаболический ацидоз при дистальном почечно-тубулярном ацидозе (ПТА); низкий уровень магния и азотемия при гипомагнезиемической гиперкальциурии с нефрокальцинозом; гипокалиемический гиперхлоремический алкалоз при синдроме Барттера (неонатальная форма сопровождается гиперкальциурией и развитием нефрокальциноза); низкий уровень щелочной фосфатазы при гипофосфатазии; специфические изменения внутренних органов и внешности при синдромальных формах и цилиопатиях [12].

Однако клиническая и лабораторно-инструментальная диагностика не всегда позволяет установить точную причину заболевания. В связи с этим в настоящее время в диагностике МКБ широко используются молекулярно-генетические технологии. Причем в каждом случае заболевания выбор молекулярно-генетического метода должен проводиться индивидуально.

Так, если заболевание связано с известными частыми мутациями в определенном гене, то назначается ДНК-диагностика на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР). В случае редких заболеваний, для генов которых не описаны повторяющиеся мутации, используются методы секвенирования ДНК, представленные севенированием по Сэнгеру и NGS. Вследствие широкого клинического полиморфизма и генетической гетерогенности причин моногенных форм уролитиаза в ряде случаев целесообразно исследование не одного, а сразу нескольких генов.

В таких случаях используют таргетные NGS-панели генов [3]. В отсутствие патогенных мутаций в исследуемых генах таргетной панели применяют более широкое генетическое обследование в виде полноэкзомного или полногеномного секвенирования. Применение молекулярно-генетических методов служит важным дополнением в диагностике моногенных форм уролитиаза.

Современный уровень развития медицины позволяет успешно применять разнообразные молекулярно-генетические методы в диагностике мочекаменной болезни. Особое значение молекулярно-генетические технологии имеют при ранней манифестации заболевания, а также при отягощенном по МКБ семейном анамнезе. Выявление точной молекулярной причины МКБ дает возможность проводить эффективную профилактику в семье больного, а также в перспективе обеспечить индивидуальный подход к терапии. В связи с этим не вызывает сомнений необходимость медико-генетического консультирования пациентов с МКБ.

About the Authors

Corresponding author: M.M. Litvinova – Ph.D, associate professor at the Department of Medical Genetics of I.M. Sechenov First Moscow State Medical University of Ministry of Public Health of Russian Federation (Sechenov University), Moscow, Russia; clinical geneticist at the Loginov Moscow Clinical Scientific Center of Moscow Health Department, Moscow, Russia; e-mail: mariya.litvinova@gmail.com

Similar Articles